要在CircBase数据库中检索番茄的circRNA序列信息，可以参考以下步骤： 1. **访问官网**：打开浏览器，进入CircBase主页（http://circbase.org/）。 2. **输入关键词**：在首页的检索框中输入与目标相关的信息，例如番茄的物种名称、基因符号、基因组位置或已知的circRNA ID等。如果不确定具体编号，可尝试用“tomato”作为关键词进行模糊搜索。 3. **查看结果**：点击“Search”按钮后，页面会展示匹配的条目。表格中通常包含物种来源、染色体定位、circRNA ID、序列长度及关联文献等信息。 4. **获取序列**：找到目标条目后，点击对应的“FASTA”链接即可下载该circRNA的碱基序列文件，供后续分析使用。 此外，若需进一步筛选数据，还可通过设定基因组区域、表达水平等条件缩小范围。目前CircBase支持多种导出格式，方便不同实验需求的应用。 需要注意的是，由于数据库更新可能存在滞后性，建议结合最新研究文献验证数据的完整性和准确性。如果遇到检索困难，也可尝试其他专门收录植物circRNA的资源库作为补充。

以下是在CircBase数据库中检索番茄（Solanum lycopersicum）circRNA序列信息的操作流程： --- ### **步骤 1：访问CircBase数据库** 官网地址：http://www.circbase.org/ --- ### **步骤 2：使用物种筛选功能** 1. 点击页面左侧导航栏的 **"Species"** 选项。 2. 在搜索框中输入 **`Solanum lycopersicum`**（番茄的拉丁学名）或直接选择分类中的 **"Plants"** → **"Solanum lycopersicum"**（若存在）。 --- ### **步骤 3：检索circRNA信息** - **方法 1：直接搜索** - 在主页搜索框输入番茄基因名称（如 `Solyc01gXXXXXX`）或已知的circRNA ID（如 `circBase:XXX`）。 - 点击 **"Search"** 获取相关条目。 - **方法 2：浏览数据** - 进入物种页面后，直接浏览已收录的番茄circRNA列表，支持按染色体位置、宿主基因等筛选。 --- ### **步骤 4：获取序列信息** 1. 在检索结果中找到目标circRNA条目。 2. 点击 **"Sequence"** 或 **"FASTA"** 按钮（如有），下载/查看序列的FASTA格式文件。 --- ### **步骤 5：数据导出（可选）** - 勾选目标circRNA条目，使用页面提供的 **"Export"** 功能导出CSV/Excel格式的注释信息（含circRNA ID、宿主基因、染色体位置等）。 --- ### **注意事项** 1. **数据覆盖范围** CircBase主要收录动物circRNA数据，番茄等植物数据可能有限。若未找到目标数据，可尝试以下替代方案： - **PlantCircBase**：专注植物circRNA的数据库（http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/）。 - **NCBI/Ensembl Plants**：使用关键词 `circRNA + Solanum lycopersicum` 检索。 2. **序列拼接** 若数据库未直接提供序列，可通过circRNA的 **"backsplice位点"**（如 `chr1:1000-2000`）在番茄基因组数据库（如 [SGN](https://solgenomics.net/)）中手动提取。 --- ### **示例检索结果** | circRNA ID | Host Gene | Chromosome | Strand | Backsplice Junction | |------------------|----------------|------------|--------|---------------------| | circBase:Slacirc1 | Solyc01g000100 | SL4.0ch01 | + | 5000-5500 | 通过上述步骤，可高效获取番茄circRNA的序列及注释信息。如遇问题，建议查阅CircBase的 **"Help"** 页面或联系维护团队。